在食品高温杀菌工作过程中，杀菌的主要对象是肉毒芽孢螺旋杆菌，此种菌能产生对人体造成致命伤害的毒素，其属耐热性厌氧菌，在121℃环境中三分将钟将失去生物活性，在100℃环境中6个小时左右失去生物活性。当然，温度越高，该病菌存活时间越短。经科学检测，在121℃时杀菌较为适宜，此时包装物有很好的耐热性，而且食品口感也较为良好。121℃杀菌时，食品中心F值达到4，食品中就不会检测出肉毒芽孢螺旋杆菌，达到了商业无菌的要求。
1、手动控制型：所有阀门和水泵均由手动控制，包括加水、升温、保温、降温等工序。
2、电气半自动控制型：压力由电接点压力表控制，温度由传感器（pt100）和进口温控仪控制（精度为±1℃），降温过程由人工操作。
3、电脑半自动控制型:采用PLC和文本显示器将采集的压力传感器信号和温度信号进行处理，可以储存杀菌工艺，控制精度高，温控可达±0.3℃。
4、电脑全自动控制型：全部过程都有PLC和触摸屏控制，可以储存杀菌工艺，操作工只需按启动按钮即可，杀菌完毕后自动报警，温控精度可达±0.1℃。
杀菌锅主要从控温精度和热分布均匀性上进行选择，若产品要求温度很严格，尤其是出口产品，因为要求热分布很均匀，所以应尽量选择电脑全自动杀菌锅。电脑半自动杀菌锅温度控制、压力控制与电脑全自动相同，但是价格却是电脑全自动的1/3。一般要求可以选择电气半自动杀菌锅。手动杀菌锅杀菌难度高，控温和控压等都由人工完成，食品外观很难掌握，涨罐（袋）和破碎率高。
